Seksi Pendidikan Madrasah memberikan pelayanan pada masyarakat terkait hal-hal yang berhubungan dengan madrasah lewat Pelayanan Terpadu Saru Pintu (PTSP), diantaranya :
1. Pengesahan Surat Pengganti Ijazah Hilang/Rusak
2. Legalisasi Ijazah bagi Madrasah Swasta
3. Rekomendasi Pengauan Ijin Operasional RA dan Madrasah
4. Surat Keterangan Pindah Sekolah Siswa Madrasah
5. Rekomendasi Siswa Madrasah melanjutkan sekolah
6. Rekomendasi Siswa Madrasah Study Banding
7. Pengumpulan Berkas Ajuan SIMPATIKA
8. Pengumpulan Berkas Tunjangan Profesi Guru
9. Pengumpulan Dokumen Pengajuan BOS dan BOP bagi RA dan Madrasah
